Masih banyak masyarakat yang kurang peduli dan tidak patuh dengan aturan dan kebijakan yang dibuat oleh pemerintah tentang protokol kesehatan di masa pandemi COVID-19 ini menyebabkan terjadinya penambahan kasus hari per hari. Hal ini dapat disebabkan karena kurangnya motivasi dalam menerapkan protokol kesehatan. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui hubungan motivasi dengan kepatuhan masyarakat dalam menerapkan protokol kesehatan di Era Pandemi COVID-19. Desain penelitian ini menggunakan analitik korelasi dengan pendekatan cross sectional. Populasi dalam penelitian ini adalah semua anggota masyarakat yang berusia 17-60 tahun di Dusun Tambakrejo Desa Gayaman Kecamatan Mojoanyar Kabupaten Mojokerto sebanyak 576 orang. Teknik sampling penelitian ini adalah simple random sampling. Sampel dalam penelitian ini berjumlah 58 orang. Instrumen penelitian menggunakan kuesioner. Analisa data menggunakan Uji Spearman Rho. Hasil penelitian menunjukkan bahwa sebagian besar responden mempunyai motivasi sedang yaitu 35 orang (60,3%), dan sebagian besar responden mempunyai kepatuhan sedang dalam menerapkan protokol kesehatan yaitu 43 orang (74,1%). Hasil uji Spearman Rho menunjukkan nilai pvalue=0,000 dengan coefficient correlation 0,614 dengan sehingga ada hubungan antara motivasi dengan kepatuhan masyarakat dalam menerapkan protokol kesehatan di era pandemi COVID-19 siswa di Dusun Tambakrejo Desa Gayaman Kecamatan Mojoanyar Kabupaten Mojokerto dimana semakin tinggi motivasi maka semakin rendah kepatuhan masyarakat dalam menerapkan protokol kesehatan di era pandemi COVID-19. Motivasi berfungsi untuk menggerakkan dan mendorong timbulnya penerapan protokol kesehatan, menentukan arah perbuatan pada tujuan yang hendak dicapai, serta menyeleksi perbuatan yaitu memilih perbuatan yang harus dikerjakan dan yang harus disisihkan dalam penerapan protokol kesehatan.